Shirley's Gridea

在做SVM实际应用时，检索资料大多都推荐了libsvm，这是台湾大学教授林智仁等开发的一个包，查看了很多教程，大多表述模糊，经过自己动手实践摸索，终于有一点小体悟，分享并记录。

记录一下非root用户自行在Linux服务器上搭建MySQL的过程，作为学习资料。

写python代码经常遇到各种报错，有时是脚本写错，但有时是环境问题。做一些记录。

jupyter在linux上的配置，网上有很多教程，我这里就不说了，主要记录近期virtualenv配置python2环境后的jupyter问题。

之前没注意这方面的知识，后来有次要作图，KEGG和GO的图，才发现基因ID的问题，记录如下。

最近在做突变分析，偶然看到有myVCF这个小工具，但是搜到的资料实在有限，自己摸索了摸索，将安装及使用过程总结一下。

GATK4这个工具我真的想疯狂吐槽一下，不断更新确实是好事，但是官网上关于同一个tool的各种manual以及Q&A给出的例子都不一致，简直抓狂，记录下自己的实践情况吧，非常辛酸。
2019.10.15：本记录中使用的是GATK4.1.2.0，不完全适用于最新版本的GATK4。
2021.12.03：教程更新为GATK4.2.3.0，增加hg38相关
2022.7.13：GATK官网持续改版，部分链接失效，更新链接

技术性及知识性文章直接在首页展示，个人心情个人生活类文章在“个人日志”栏目，基本上是随笔。