GATK4实现寻找SNP记录 GATK4这个工具我真的想疯狂吐槽一下，不断更新确实是好事，但是官网上关于同一个tool的各种manual以及Q&A给出的例子都不一致，简直抓狂，记录下自己的实践情况吧，非常辛酸。 2019.10.15：本记录中使用的是GAT... 2019-07-24 置顶
Linux搭建MySQL并完成数据迁移 记录一下非root用户自行在Linux服务器上搭建MySQL的过程，作为学习资料。 查看服务器版本 uname -a查看Linux操作系统版本。 cat /proc/version查看内核版本。 cat /etc/issue查看... 2021-07-05
python相关报错记录 写python代码经常遇到各种报错，有时是脚本写错，但有时是环境问题。做一些记录。 集群上执行python代码多进程报错，脚本中用到multiprocessing return Lock(ctx=self.get_contex... 2019-10-17
jupyter notebook配置问题记录 jupyter在linux上的配置，网上有很多教程，我这里就不说了，主要记录近期virtualenv配置python2环境后的jupyter问题。 背景 在linux上用virtualenv配置python环境，配置了py2和py3... 2019-08-14
关于基因ID的知识记录 之前没注意这方面的知识，后来有次要作图，KEGG和GO的图，才发现基因ID的问题，记录如下。 基因ID的问题 生物信息处理时，需要从不同数据库下载数据时，基因的标识不同，所以对于同一个基因，有不同ID，常见的有entrez ID、e... 2019-08-06
myVCF对突变文件进行可视化分析 最近在做突变分析，偶然看到有myVCF这个小工具，但是搜到的资料实在有限，自己摸索了摸索，将安装及使用过程总结一下。 安装 myVCF的功能，简单一句话，就是可视化vcf文件。我用到的就是这块。myVCF下载路径，在GitHub上。... 2019-08-06
小工具记录 记录几个小工具，常言道：书到用时方恨少。为避免紧急情况下实现一些功能，还是平日里积累些小工具吧。 GeoGebra 可视化界面作图，相关文章 LaTeX 编辑器，一份其实很短的 LaTeX 入门文档 methylKit DNA m... 2019-07-11
python简单功能实现语句集锦 在python里进行数据处理时对数据框经常要做一些操作，总结一些简单功能实现的语句。 pandas dataframe取列名，可用于判断某列名是否在列名列表里。 DataFrame.columns.values.tolist()... 2019-07-11
libsvm二分类实践总结 在做SVM实际应用时，检索资料大多都推荐了libsvm，这是台湾大学教授林智仁等开发的一个包，查看了很多教程，大多表述模糊，经过自己动手实践摸索，终于有一点小体悟，分享并记录。 软件安装 libsvm实际上是一个linux工具，... 2019-07-10
常用的R语言及R绘图语句集锦 工作中总结的一些R语言的语句，以备不时之需，避免重复检索。有待补充整理收集。 R中ggplot绘图使添加的标题居中 ggplot(stage_data,aes(x=stage,y=num)) + labs(title=... 2019-07-05
