之前没注意这方面的知识，后来有次要作图，KEGG和GO的图，才发现基因ID的问题，记录如下。
基因ID的问题
生物信息处理时，需要从不同数据库下载数据时，基因的标识不同，所以对于同一个基因，有不同ID，常见的有entrez ID、ensembl ID、HGNC ID、refseq ID等。因此在处理数据时可能要进行基因ID的转换。
entrez ID是美国NCBI数据库中的基因标识，常由纯数字表示，ensembl ID是欧洲生物信息数据库的基因标识，都是由ENSG开头后面跟11位数字，HGNC ID是人类基因命名委员会指定的基因标识符，通常一个基因赋予一个名字和一个ID，例如人类TP53基因，标准symbol是TP53，即简称，全称是tumor protein p53，ID是11998。发表文章时用的都是基因的HGNC symbol。
基因ID的转换
在R里可以使用AnnotationDbi和org.Hs.eg.db。不仅可以用来进行基因ID的转换，可用的key之间都可以获取对应关系。 同理，例如reactome.db里的key有ENTREZID、GO、PATHID、PATHNAME、REACTOMEID，可以进行对应关系获取。
library(AnnotationDbi)
library(org.Hs.eg.db)
#查看org.Hs.eg.db里可用的key.
keytypes(org.Hs.eg.db)
#读取特定key中的值,读取前五个.
keys(org.Hs.eg.db,keytypes="ENTREZID") %>% head
#输出gene_list里的基因对应的SYMBOL和ENTREZID(基因ID转换).gene_list里是SYMBOL.
list <- AnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db, keys = gene_list,
columns = c("ENTREZID"), keytypes="SYMBOL")